陈耀宗在胡二毛和刘一刀的严格教导下，身体素质和各项技能进步很快，至少现在陈耀宗能轻松撂倒林有德了。在枪械方面，托陈炯明的福，缴获的枪支都收集在仓库里，胡二毛一边教陈耀宗擦枪一边讲解各枪械的性能。

和平的日子也没过多久，5月中旬，滇军杨希闵、桂军刘震寰在英帝国主义和北洋军阀政府策动下，阴谋发动叛乱。6月5日，国民政府代理大元帅胡汉民下令讨逆，东征的黄埔军校学生军回师平乱。文白将军率领第三期入伍生第一营率先回师黄埔，陈耀宗等留守人员迅速归队，守卫黄埔等待主力回援。

杨希闵、刘震寰的滇桂军多是一些烟兵赌将，军官比士兵多，烟枪比步枪多，步枪比子弹多。无论官兵，每人都有两支枪，一支是步枪或手枪，一支是鸦片烟枪。这些部队的官兵虽然在平时散漫，但打起仗来还能抵挡一阵子，他们最大的特点是战场经验多，火线上沉着。他们在阵地上一边打仗，一边抽鸦片烟，能在枪林弹雨中沉着地抽烟，烟抽足了，过瘾了，就能玩命冲锋。

黄埔上游猎德炮台，由总队长张治中率领的黄埔校军2000多人组成的突击总队，利用停靠在珠江口岸年久失修的飞鹰军舰上的大炮助威，冲杀向对岸，直杀得当面之敌人仰马翻。

陈耀宗在突击过程中，奋勇杀敌击毙多人，并和李宝勤等人率先攻进广九路车站的敌军司令部，找到了大军阀赵成梁尸体。

6月12日平定杨、刘叛乱后，在中国共产党提议下，广东革命根据地原称为“大元帅府”的革命政府于7月1日改组为国民政府。国民政府以黄埔军校教导团为基础，成立了国民革命军第1军，海棠先生担任第1军的政治部主任。随后，又将湘、滇、粤、闽各军改编为国民革命军第2、第3、第4、第5军。程潜领导的攻鄂军与豫军、赣军等部也先后奉调回广东。

陈耀宗被编入国民革命军第1军第2师4团7连1排，连长是陈大将。黄埔学员利用这个机会交流作战经验，检讨战场上出现的问题和不足之处，尤其是陈明仁、关麟征、左权、陈大将和杜聿明等十位淡水城突击队队长更是各个学员宿舍的红人，学员宿舍里也经常相互交流作战和学习经验心得，得益于陈大将是连长，陈耀宗也是收获满满。

在这个时候，学员之间没有党派之争，也没有主义之争。