民国六年(1917年)7月1日，张勋在北京拥戴溥仪复辟，黎元洪避入日本公使馆，致电南京请冯国璋代行总统职权，维护共和。冯国璋于7月3日通电全国指出:“国璋在前清时代，本非主张革命之人，国璋今日之不赞成复辟，亦犹前之不主张革命，彼(指张勋)恃京师为营窟，挟幼帝以居奇，手握主权，口含天宪，名器由其假借，度支供其虚糜，化文明为野蛮，委法律于草莽，此而可忍，何以国为!”
第二天，冯国璋在军署接见英国领事时说:“中国政体已走上了共和。不容许再有皇帝，我可以告诉你们，我跟段总理都是站在反对地位的。”复辟敉平，冯国璋于14日致电“奉还大总统职权，请黎元洪复职”。黎愧于解散国会，故决心去职，致电冯国璋说:“惭魂虽化，枯骨犹生，黾载河间，奠我民国。”
段祺瑞企图乘机使其亲信倪嗣冲接替冯国璋江苏督军之职，于是大施调虎离山之计，18日致电促冯国璋北上就大总统之职，并派靳云鹏为专使赴南京迎冯国璋北上。靳云鹏对冯说:“段此次组阁表示必可听冯四哥的话，二人同心，其力断金冯国璋代理总统!”
冯国璋深知段之野心，不为靳云鹏语所迷惑，断然拒绝段祺瑞的安排，并针锋相对地提出离宁条件:调其部下江西督军李纯为江苏督军，陈光远为江西督军，第十五、第十六师为总统卫队。靳致电段祺瑞报告，段则以吴光新、傅良佐为长江上游警备总司令兼四川查办使和湖南督军为交换条件，答应了冯的要求。冯国璋鉴于自己的势力在长江下游得以巩固，便于8月1日率第十六师抵达北京就职。冯国璋进京后，先拜访黎元洪，再次力言劝其复职;又派内务部总长汤化龙为大总统代表，进宫答谢清廷对他荣升大总统的祝贺。随后，他便将王士珍、段祺瑞请进府来，叙“北洋三杰”之友谊。冯极为亲切地说:“咱们老兄弟三个连枝一体，不分总统、总理、总长，只求合力办事，从今而后再也不会有什么府院之争了。冯把“府院一体，内外一心”的高调呼得山响。然而这仅是表面文章，冯国璋决不是第二个黎元洪。他是一个有军队、有地盘、有势力、有野心的不低于段祺瑞的实权人物，他决不象黎元洪那样甘心当“活动的盖印机器”。
因此，冯国璋来京就职代大总统，无疑加深了冯段之间的矛盾，促进了北洋集团的分裂。段祺瑞刚愎自用，非常看不起冯国璋。冯国璋来北京前夕，段祺瑞听到冯用债券收买上海外商存土(鸦|片)，借制药为名，从中牟利的消息后，便对身边人说:“我与冯是旧友了，此君有个钱癖，固所深知。但以今日环境论，我绝不能反对，因小失大，致伤感情。且系苏省官绅合办，彼既事前未征求我的意见，我只好装作聋聩。”段祺瑞宣扬散布冯国璋有“钱癖”，并非无端攻击，冯国璋自保定发迹后，通过各种搜刮手段，已陆续聚敛了大量的财富，成为军阀、大地主和大资本家三位一体的典型人物。
例如，他在原籍河间和阜城、兴济等地有土地3000余亩;在江苏与张謇合办盐垦公司。购地70万亩;在诗经村、天津、北京有房千余间;在直隶夹山、遵化、兴隆有3座金矿;在南京、北京、天津有10座钱庄和银号;并且在中华汇业银行和“北四行”均有大量股票和存款。尽管如此，仍不能满足其贪欲。当他走进总统府看到三海活蹦乱跳的鱼群时，却又动了心计，正好一个姓李的嬖人对其买好，进言说:“三海之鱼，自明清以来从未网罟过，如果打出卖给鱼商可值10万余元。”李某见冯犹豫不定，又说:“成文规定，三海鱼鸟花草历来是皇帝总统私产。”于是，冯国璋招鱼商捕之，议价8万元。从此，冯国璋落得贪婪名声，所以段祺瑞是很藐视他的。
辫子军于民国六年(1917年)7月12日挂五色旗投降，冯国璋于14日电请奉还大总统给黎元洪，但黎元洪知道尽管自己命令段祺瑞复职，但段祺瑞决计不会尽释前嫌、善罢甘休，因此不愿就职，并通电全国决意去职。不久就发生了新的府院之争，而且较之前一次，有过之而无不及。由于段祺瑞是两次府院之争的当事人，可见其必有责任。但是新府院之争比旧府院之争毕竟上了一个档次。黎元洪和段祺瑞的旧府院之争，更多的是一种名器之争，总统认为总统是老大，总理却认为总理是第一，因此为了一些芝麻绿豆的小事都可以大动干戈，实际上有民国元年内阁制与总统制之论争的余响。但冯国璋与段祺瑞的新府院之争，却是一种政见之争。段祺瑞鹰扬虎视，要用武力征服全国，是把南方军政府当作敌人来对待的，这是承袭了袁世凯时代的敌我划分;但冯国璋却希望“和平混一”，视西南实力派为愤而出走的兄弟，因此寓含了对袁世凯的否定。
护法战争
段祺瑞上台后，以“再造共和”功臣自命，独揽军政大权，拒绝恢复《临时约法》和召开国会。于是孙中山以维护《临时约法》为号召，联络海军总长程壁光及西南军阀于民国六年(1917年)9月在广州建立了与北京政府对峙的护法军政府。段祺瑞面对此局势，立即决定对南方实行“武力统一”的军事冯国璋讨伐。9月18日零陵镇守使刘建藩和驻衡阳湘军旅长林修梅通电宣布湖南“自主”。10月6日，护法战争首先在湖南爆发。正当段祺瑞全力对南方用兵之际，代大总统冯国璋却提出了与段祺瑞的“武力统一”对立的“和平统一”政策，即保持西南各省军阀割据现状，以换取他们对北京中央政权的承认，保持中国名义上的统一。
冯为了贯彻他的“和平统一”政策，利用他直系军阀首领的地位，密遣其婿陈之骥赴湘，运动王汝贤、范国璋联名通电主和。于是王、范通电:“恳请大总统下令征求南北各省意见协议组织立法机关，议决根本大法，以垂永久而绝纷争。”10月20日冯又指使“长江三督”联名提出停止湖南战争，撤回湖南督军傅良佐，改善内阁和调整倪嗣冲安武军驻防四项主张。段对南方战争彻底失败。12月25日，冯国璋发布“弭战布告”，要求南北两军“于军事上先得各方之结束，于政治上乃徐图统一之进行。”冯国璋的“和平统一”政策暂时占了上风。
段祺瑞虽然一度下野，但皖系实力仍存无损。因此段祺瑞下台后，竭尽全力破坏冯国璋的“和平统一”政策。首先拉拢直系内部主战派首领直隶督军曹锟于12月召开“天津会议”，煽动继续对南方用兵;同时，段祺瑞还指示徐树铮勾结奉系军阀张作霖派兵入关，以威胁冯国璋。冯国璋虽有十五师、十六师，却仍感力量单薄，而敷衍西南的“和平统一”政策因进行缓慢而无效果，致使护法战争于1918年1月中旬重新交火。段祺瑞的阴谋得逞，冯国璋在北京陷于孤立。
民国七年(1918年)1月26日，冯国璋借出京“巡视”为名，率领1000余名卫队，准备赴南京与李纯等人商讨反段大计。当冯国璋的专车抵达天津时，曹锟率直隶军政大员在车站欢迎。冯国璋一行人在天津曹家花园小住一夜。曹锟向冯国璋表示:“无论和战，吾辈坚决服从命令。”第二天，冯国璋继续乘专车南下，27日下午抵达济南，山东督军张怀芝登车晋谒冯国璋，并同车赴蚌埠。此时段祺瑞急电倪嗣冲阻止冯国璋前往南京。
28日上午冯国璋专车抵达蚌埠，倪嗣冲率亲信十余人到站迎接，见到冯国璋劈头第一句就说:“在天津小站时，咱还是个文官，如今居然也领兵了，咱们多时相好，如今你是大总统，我还是个督军，天差地远，我看这督军觐见大总统的大礼就免了吧!”下车后到了倪嗣冲署府，冯国璋也不甘示弱，刚坐定，就对倪嗣冲说:“督军不听中央的命令不必说，就是一个师长、旅长，索饷索械比什么人都凶，一点点不如意就通电反对中央，请老弟代我想想，这样的总统做得下去吗?”倪嗣冲因事前接到段祺瑞密电命令他阻止冯国璋赴南京，所以对冯国璋的态度极为恶劣，他竟然指着冯国璋说:“是战是和，你是当总统的，总统先有个主意，究竟你的主意何在?你为何不明白说出来!你和段总理已是数十年的老朋友了，可是，你只顾自己的总统地位，而不顾总理的面子，此种举动真令吾辈寒心。”不待冯讲话，倪又连珠炮般地发泄内心的不满:“不知总统是否还记得当年在天津武备学堂当学生时候，校长不是我们安徽的李文忠(李鸿章)吗?”
倪嗣冲的一席话竟使冯国璋也流下了眼泪，跟随冯国璋的田文烈见此情形，便说:“总统原来是与倪督军、张督军诸君商议讨伐西南之事呢。既冯国璋与段祺瑞然这样，待总统回去即下讨伐令好了。”冯国璋欲赴南京，倪当即说:“你若回北京，我可以放行，若去南京，我便扣留你在此。”冯国璋不得已，只得折回北京。
冯国璋回到北京后，于1月30日下讨伐令，派曹锟、张怀芝、张敬尧率军进犯湖南，并于2月上旬下“罪己布告”。冯国璋效法专制君王用“罪己诏”的形式缓和与段祺瑞一派的紧张关系，尽力向段表示让步，以平息皖系军阀政客们的怨气。民国七年(1918年)3月23日复任段祺瑞为国务总理。
段祺瑞的“武力统一”又占了上风。但冯国璋并不甘心“和平统一”政策的失败，他密电曹锟率兵南下“适可而止”，不必过于深入为他人效力，“以恢复湘省为止”。曹锟接电后，心领神会，回电说:“决不令主座为难。尽请放怀!”吴佩孚率直军攻占长沙后，段祺瑞电告吴佩孚“直捣两广”，吴佩孚借口饷械供应不及，故意按兵不动。段祺瑞为了早日完成他的“武力统一”，便极力笼络曹锟、吴佩孚。
当段准备升任曹锟为两湖巡阅使兼湖北督军的消息传出后，冯国璋急忙致电曹锟:“久戎于外，直隶根本之地，未免空虚，倘有疏虞，便无退步。”于是直军占领衡阳后，曹锟力辞两湖巡阅使，立即回到天津，吴佩孚亦屯兵不前，并与护法军划界停战，致使段祺瑞的“武力统一”到此为止。
晚年逝世
段祺瑞企图再以名位引诱曹、吴继续为其卖力，使授曹锟为川粤湘赣四省经略使，授吴佩孚为“孚威将军”。未几，段祺瑞又“秘以副总统许曹”。并且亲往湖北犒师。冯国璋此时恐怕曹锟再次冯国璋受骗，便派陆建章赴天津说服曹锟，放弃南征，回到直系与李纯等人合作把局面转向和平。结果陆建章在天津被段的第一亲信徐树铮诱杀。段祺瑞深知阻碍“武力统一”的主要障碍是冯国璋，于是便指使亲信王揖唐为首的“安福俱乐部”收买政客，操纵国会选举，把冯赶下台去。安福系乘冯国璋继黎元洪总统任期已满，按照事前段祺瑞的部署选举徐世昌为新总统，冯国璋只得把总统的“宝座”让了出来。不久，冯国璋离京回到故里河间。
徐世昌上台后，企图调解直、皖两系矛盾，为了取悦冯国璋，便批准下台的冯国璋仍有节制第十五、十六师的权力。不久，又派师景云赴河间迎请冯晋京，以疏通冯、段感情。由于冯国璋鉴于陆建章被谋杀的教训，迟迟不敢登程，直到靳云鹏组阁，稍有了安全保障，他才于民国八年(1919年)10月经天津抵达北京。冯国璋此次进京虽然是打着调合直、皖两系分裂的旗号而来，但实际上，他依然想通过他的斡旋促进直系内部团结，以对抗皖系，并伺机东山再起。此外，他进京的另一任务，则是企图把陆军部于民国八年(1919年)6月裁撤的第十五、十六师的粮饷局夺回来，以保其外快财源不致中断。然而一切都未能如愿，即于12月28日突然病逝，时年60岁。冯国璋临终口授遗言给徐世昌总统:“和平统一，身未及见，死有遗憾，希望总统一力主持，早日完成。”