虽未得到亲政权力，但朱翊钧也有意改善自己在早朝时的处境。因朝廷上并未设帘，李太后是不参加早朝的。张居正虽总揽大政，却没法阻止他说话。因此经筵后第二日的早朝上，朱翊钧多次经过深思熟虑后偶尔发言答复早朝群臣的奏事，让群臣惊讶之余也无法就皇帝的处置发出哪怕一点反对的意见——如是者几次，这皇帝如同吃了朱果，加了外挂一般的表现，外朝众臣无不惊异。惊异之余，不免担心皇帝这般早慧，差事若有不妥当之处，被皇帝挑出错来闹个没脸，却大大干碍自己未来的前程。自此，重臣们竟一改颓靡之风，开始战战兢兢办差，让正在筹划考成法的张居正哭笑不得。
自朱翊钧穿越以来，忽忽十天转瞬即过。这些天以来，宫内宫外俱都称颂新皇聪颖早慧，诸多串门子的嫔妃、命妇等在两位太后跟前俱都称颂，陈太后笑眯眯照单全收，入冬以来的病都好了几分。李太后的耳朵都要磨起茧子了，心中疑惑，也曾悄悄儿几次驾临皇帝寝宫、文华殿（进讲之所），见皇帝真个是和旬月前大不相同，每日循规蹈矩，说话做事一板一眼，且思虑言谈周密详致，比先皇不遑多让。（这还是朱翊钧苦苦压抑的结果，否则非闹出妖言不可）。李太后连着几日回宫后辗转反侧，一忽儿为皇帝早早开窍感到高兴，一忽儿怕他早早就这么聪明，可别招了天妒，夭折了，一忽儿又想起先皇来，不免珠泪暗垂。寡妇的日子难捱，李太后几日来心思重，入睡后不免春梦、噩梦一起发作，忽然病倒了。她平日身体很好，突然生病，竟然表现的颇为沉重，每日只是昏昏沉沉。
秉政太后凤体不虞，乃是内外朝的大事儿。太医院最先行动起来，每日请脉、开药、煮药、调整膳食忙个不了。朱翊钧也宣布辍朝、辍讲，除了尽孝子之责，进奉汤药侍疾之外，还每日诵经并抄写经书为太后祈福。整个京城勋贵、大臣之家，有资格入宫探望的命妇免不了要入宫请安，并在各处庙宇进香为慈圣皇太后祈福。张居正、冯保等更不用说，日日默祷，祈求李太后早日病好。
二月二十，太医宣布李太后病体痊愈（本来就不是大病），并晓谕内外，众臣这才松了口气。第二天一大早，李太后因几日来礼佛功课拉下许多，早早起来诵经，要补上功课。左右奉上皇帝新抄的《金刚经》一部，李太后翻开见墨痕中隐隐透出血色，心中疑惑，凑到鼻端一闻，竟有血腥气，大惊失色。急召皇帝身边伺候的老太监殷祥、小内监张诚。殷祥年岁已高，耳朵也有些不清楚，太后问了几句不得详情，乃叫张诚细细奏来。张诚哭拜于地，奏道：
“奴婢自懂事以来，未见诚孝如皇爷者。太后前几日凤体违和，皇爷每日奉汤药前，则先沐浴，并端正仪容，曰：‘母后违和，朕要整肃仪表，免得慈心忧虑’，及伺候完回宫，又茶饭不思，忧思反侧。自三天前，太后不见大好，皇爷跟奴婢要针，奴婢不知何意，就取了来交给皇爷。谁知皇爷竟以针刺左臂取血，奴婢阻止不得，皇……皇爷爷竟刺了三次，每次出血约三钱。用以研墨抄经，以期孝心感于天地，皇爷爷说：‘朕乃天子，如此天也能见朕之赤诚，必佑母后也’。”说完，泣不成声。
李太后听了，泪珠儿滚滚而下，喃喃道：“这不孝子！要气杀哀家不成！”深呼吸几口气，一手抚胸，戕指厉声骂殷祥和张诚道：“尔等见皇帝伤残肢体，如何不拦着些儿？要尔等这些奴婢何用？！”张诚闻言抬头，将头上的小黄门帽子摘掉，露出脑袋上老大一块淤青，复又低头回奏道：“不干殷老公的事，是皇上不想惊动宫中，拉着奴婢屏退众人干的，奴婢这头也是为了阻止皇上磕的皮破血流，奈何皇上铁了心，奴婢不敢欺君……”
李太后见他对答伶俐，将事情奏得明白，气渐渐小了，这疼爱儿子，感念孝心的情绪却澎湃的不可抑制，低下声音道：“皇帝可起寝了？”
“皇爷因太后痊愈，放松了下来，今日起的晚了些。奴婢等见皇爷几日没得好睡，今日就大着胆子没有叫起，才要过来奏明太后，太后就召见奴婢了。”
李太后听说，乃屏退内监，换了正装。随即携左右到乾清宫皇帝寝殿。早有小内监先走一步，告知路途之上不得出声。静悄悄到了寝宫，太后让众人在外候着，自己敛起裙裾，步入内殿。
到了龙床前，见小皇帝向床内蜷缩着睡得深沉，左臂搭在被子外。慈圣太后红了眼圈，颤抖着撸起皇帝臂上内衣袖子，见左臂肘弯处三处肌肤乌沉沉的，淤血尚未散去。再也忍耐不住，掏出帕子低声饮泣。哭了没一会儿，见皇帝身体一动，知道是要醒了，忙止住了哭，擦干了泪，静坐床边。
朱翊钧醒来，见太后坐在床前，吃了一惊。问道：“母后，您怎么来了？”又看向左右，静悄悄的一个人也无。
“朱翊钧，你可知罪？”太后见皇帝醒来，凤脸含威，低声责问道。
朱翊钧脑袋一激灵，彻底清醒过来，知道是自己苦心孤诣的事儿发了，却是自己料定的首尾，马上调整情绪。爬起身来，跪在床上问道：“母后凤体初豫，不可动气，皇儿做得不到处，还请母后明示。”
“你如何残害肢体，让哀家伤心？你也是读圣贤书的，岂不闻‘身体发肤，受之父母，不可毁伤’，哀家这妇道人都知道的道理，你如何不知？”说着说着，眼圈儿又红了起来。
朱翊钧见她真情流露，心里暗暗感动。本来自己就要倾情演出的大戏，此时更注入了原有身体记忆中的感情，哇的一声哭道：“皇儿已经没了父皇，若没了母后，可怎么了？那我……那朕……我不成了无父无母的孤儿吗？母后，皇儿害怕啊！”说完，这些天强行压抑的一股思念后世父母、亲人的情绪涌将上来，由低声哭泣变成了大哭，眼泪鼻涕滚滚而下，抽抽噎噎的憋得满脸通红。
慈圣太后本就情绪激荡，见小皇帝句句真情，每个字都如刀子般扎在心上，不由得抱住朱翊钧，母子两个抱头痛哭。一个思念穿越后永不可能再见的父母，一个思念已经龙驭宾天的丈夫。这一哭，两个人哭的昏天黑地，一盏茶时方歇。