胎藏界曼荼罗的组织胎藏界曼荼罗是根据《大日经》而图绘的，《大日经》的中心教义，就是“菩提心为因，大悲为根本，方便为究竟”三句。因此胎藏界曼荼罗的组织也就是标志这三句的意旨，而绘出三重现图的曼荼罗。胎藏界曼荼罗的图位，说法极不一致，普通说有三种不同。一、经疏曼荼罗经疏曼荼罗，即《大日经》和《疏》中所说的图位。《大日经》《具缘品》所说的属于“大曼荼罗”，表示身无尽庄严藏；《转字轮品》所说的属于“法曼荼罗”，表语无尽庄严藏；《秘密曼荼罗品》所说的属于“三昧耶曼荼罗”，表意无尽庄严藏，这三种中，以《具缘品》所说的大曼荼罗为图位的基本依据。二、阿闍黎所传曼荼罗阿闍黎所传曼荼罗，是善无畏三藏在他所著的两部仪轨，《摄大毗卢遮那佛神变加持经入莲华胎藏海会悲生曼荼罗广大念诵仪轨方便会》（简称《摄大轨》）和《大毗卢遮那经广大仪轨》（简称《广大轨》）中所说的图位。三、现图曼荼罗现图曼荼罗，即现行流布的图画曼荼罗中的位次。1、中台八叶院的含意（1）提心德中台第一院，八叶莲花表菩提心德。胎藏界以莲花表心，是八瓣肉团心，音译汗栗驮，译云“肉团心”，即物所的心脏，通有情及非情，其状如莲花合而未开，佛心则如开敷莲花。金刚界以月轮表心，是质多心，梵语citta，音译质多，曰“虑知”，限于有情。今此中台八叶院是使行者在自心观八叶九尊之德，开发自己本有的菩提心，所以表菩提心德，（2）大悲德第二重表大悲德。（3）摄化方便德第三重表摄化方便德。《大疏》第三解释说：“从佛菩提自证之德现八叶中台胎藏身，从金刚密印现第一重金刚手等诸内眷属，从大悲万行现第二重摩诃萨诸大眷属，从普门方便现第三重一切众生喜见随类之身。若以轮王灌项示之，则第三重如万国君长，第二重如朝廷百揆，第一重如宗枝内弼，中台如垂拱之君，故花台常智为大曼荼罗王也。若自本垂迹，则从中台一一门各流出第一重种种门，从第一重一一门各流出第二重种种门，从第二重一一门流出第三重种种门，若行因至果，则第三重之所引摄成就能通第二重，第二重之所引摄成就能通第一重，第一重之所引摄成就能见中胎藏。”这三重曼荼罗分作十三大院（实际上十二院）。中央的八叶院画八叶莲花，最中央的莲台上是大日如来；八叶上面画四佛、四菩萨，表示大日如来的四智四行，总称八叶九尊，为毗卢遮那全体，又为胎藏界曼荼罗的根本总体。《大疏》第四说明四佛的意义是：“东方宝幢佛是菩提心义，菩提心犹如大将幢旗，如来万行变以一切智愿为幢旗。南方开敷华王佛是大悲万行开敷义。北方天鼓雷音佛是如来涅盘说法智，不同二乘涅盘永寂，故以天鼓为喻。西方无量寿，是如来方便智，以众生界尽故，大悲方便亦无尽，故名无量寿。”又卷二十说明花台四隅四菩萨的意义是：“东南普贤是菩提心，若无此妙因，终不能至大果，故最初得名。西南文殊是大智慧，断无始无明之根。虽有菩提心而无慧行，即不能成果，故次明之。西北弥勒佛是大悲，若慧而无悲，则方便不具不得菩提，故次说也。东北观音即是行愿成满，若未成果时观之，此则差次浅深，今以如来平等慧观，从因至果但是如来一身一智行耳，是故八叶皆是大日如来一体也。”2、中台八叶院周围的诸院围绕着前后左右的十二院是由总体所具的无量差别慧所现。如上方的遍知院，中央画三角的“遍知印”又名“一切如来智印”，象征大圆镜智一切遍知的功德。中台北方的观音院以观自在为主尊，又称莲花部院，相当于妙观察智，表示如来的大悲下化，南方的金刚手院以金刚萨埵为主尊，以称萨埵院，相于成所作智，表示大智上求。下方持明院化五大尊忿怒明王，是大日如来所现的教令轮身，称为持明使者，所以叫持明院，又称五大院，相当于平等性智，表示净除其他的烦恼入平等实相，象征折伏摄受二德。以上是第一重受用身的曼荼罗。第二重上方的释迦院以变化身的释迦牟尼为主尊，表示方便摄化德。上方第三重文殊院。这里面的文殊院，除盖障院，地藏院，虚空藏院，苏悉地院等五院，是为了开发中台大日如来三无尽庄严藏的实相而证悟向上的菩萨大眷属曼荼罗。文殊院居东方，表示开悟实相的般若妙慧。左方第二重除装盖障院以除盖障菩萨为主，从金刚手菩萨的大智慧门，除一切众生烦恼、所知盖障，而悟入三无尽庄严藏的实相。左方第二重地藏院以地藏菩萨为主，这是得了除盖障功德的结果，不但有耐怨害、安受苦、谛察法的三种忍，而且从观音的大悲门争取到最苦的恶道里面去，解救一切众生的苦难，譬如大地载负万物不以为劳，反能出生万物，所以名为地藏。下方第二重虚空藏院在持明院之西，以虚空藏菩萨为主，这是得了地藏耐苦功德的结果，譬如虚空无有障碍，又如虚空包含万德，满一切众生愿。下方第三重苏悉地院，此院实际就是虚空藏院里面的第三列位次，经轨不另开一院，但因上方有释迦、文殊二院，下方不能不别开一院，取得画面上的相称，所以用虚空藏院的苏悉地羯罗菩萨为主，表示二利成就之德。最外一重外金刚部院，在外围四方画著诸天、药叉、人、非人、七星、十二宫、二十八宿等，表示随类应化凡圣不二之理。此院包括极广，凡一切经典中所说的诸天神等，乃至世人所信奉的外道五通仙围陀事火之类都可列入。《大疏》第六说：“凡此等诸尊若余经中具说形相者，亦可依彼画入曼荼罗中，……其山海池、林树谷药，城邑道路等神，各以本名为标帜相，山神坐山、河神在河，其树药等或手执持，或依其上，当以类推之，华严经中有足行神、身众神……亦可依次列之……当知毗卢遮那普门身中杂类鬼神傍生等，图中无别名相者，多在其中，所摄极广也。”3、胎藏界曼荼罗的部族胎藏界曼荼罗十二院，总数四百十四尊，从它的部族分类来说，有三部类——佛部、莲花部、金刚部。这三个部类表示胎藏界为本觉下转的化他门，所以就大日如来的大定、大悲、大智三德而分三部。（1）佛部佛部是佛果上理智慧具足之尊，即中台八叶院及上下诸院，属大定德。（2）大悲莲花部是如来大悲三昧，能滋润万善，故比作莲花，即可放观音院、地藏院等，属大悲德。（3）大智金刚部是佛的智慧力用，能摧破惑业苦三障，故比作金，即左方金刚手院，除盖障院等，属大智德。这三德在表现上虽然有三部，实际是互具不离的。如《大疏》第五云：“大凡此第一重上方（遍知院）是佛身众德庄严；下方（持明院）是佛持明使者，皆名如来部门；右方（观音院）是如来大悲三昧，能滋荣万善，故名莲花部；左方（金刚手院）是如来大慧用，能摧破三障，故名金刚部也。”佛陀瞿耶的《大日经广释》说：“佛部从大圆镜智和平等性智发生是大定德，莲花部从妙观察智发生是大悲德，金刚部从成所作智发生是大智德。”如果配四种法身，则中台八叶名自性身，三部眷属是自受用身，第二重的诸大心众生是他受用身，第三重的释迦佛等是变化身，九界眷属为等流身。为了表示色心二法、理智二门，所以为金胎两部。胎藏以莲花为体，即表众生八叶肉团心，在此处建立坛场，故曰胎藏界。金刚界以五股金刚杵为体，五股金刚杵表五智，即大日如来的三昧耶形，在五股金刚杵上建立坛场，故曰金刚界。胎藏界从生烦恼欲处起，金刚界从佛果智上起。因此，胎藏为生界本有，属理，故诸尊住在莲花瓣的月轮中。莲花表理，月轮表智，智住理内，表示不二。金刚界为佛界修生，属智，故诸尊住在月轮内莲花中，理住智中。理住智内，也是不二。因此金胎两部是色心、理智互具不二，为了说明便利，所以分成两个部分。