北伐明军在济南苦等从徐州运来的粮草与物资，但自从高杰派人运来一点粮草与火药之后，就再也没有了动静，史可法心急如焚，此时直隶一带兵力空虚，正是北上收复北京的大好时机，若等清军云集，只怕就难了，他只得又写了一封措辞严厉的信，差人送往徐州。但送信的骑兵头天早上出发的，到了第二天傍晚就回来了，禀报史可法说，南下的路上已布满了清军的游骑，无法赶往徐州了。
史可法听后大吃一惊，急忙招来众将商议。众人均觉徐州恐怕凶多吉少，但到底应该怎么办，却毫无良策。陈子龙坚持认为应该立即拔营北上，趁直隶空虚之际，一举拿下北京，或可起围魏救赵之功，而林清华则认为在敌情不明的情况下，应该在山东先立足，待巩固了山东之后，再徐图中原，但是大部分人包括史可法在内均认为应尽快南下，以解南京之危。众人争论了半天，最终史可法以其督师的身份下达了南下的命令。
史可法命令陈子龙率领平虏军为先锋，他自己率领中军紧随其后，林清华则率领镇虏军殿后。待众人走后，史可法特意将林清华留了下来。林清华顺势又将自己的想法讲了出来，但史可法摇摇头，说道：“威毅侯所说虽然有些道理，但如今君父有难，我们做臣子的岂能坐视不理？现在最要紧的是南下勤王，北伐的事只有等以后了。”说完他语气一变，低声说道：“如今南北联系已断，朝廷的旨意怕是下不来了，看来那批降官只有按朝廷的意思办了，大军必须立即南下，这件事只能由你们殿后的镇虏军来办了。”看到林清华还想说什么，他立即挥手制止，让林清华赶快去准备。
议毕后半个时辰，史可法就率领着大军出发了，明军几乎丢弃了一切防碍快速行军的装备，将来不及拆掉的帐篷也付之一炬，顿时整个明军营地火光冲天。关在牢里的那些降官，见到火光，一个个心慌意乱，不知到底发生了何事，正茫然无措间，却听到牢门“咣当”一声打开，随后便看见走进来一名明军将领。
这名将领正是林清华，他得到史可法的命令后，思来想去，终于下定决心，在亲兵的陪同下来到牢房。进入牢房后，林清华喝令众降官跪下，接着就将朝廷的圣旨大声念了出来。众降官开始只是觉得圣旨上措辞强硬，当听到圣旨中决定将他们全部处斩后，顿时乱成一片，有少数人欲夺门而出，但很快便被林清华的亲兵用皮鞭、木棍打退，更多的则是泪流满面、哎声叹气，等候着屠刀的降临。但出乎他们意料的是，林清华并未下令行刑，先是静静的等他们哭了一阵，然后才猛的大喊一声：“安静！”
见到众降官抬头望向自己，林清华才说道：“这朝廷的旨意是要把你们统统杀掉的，但本侯心软，也知道你们是因为‘顺案’不能南下，迫不得已才投降的。上天有好生之德，本侯决定放你们一马，这可是本侯抗旨啊！罪好大的！你们也要感恩戴德呀！今天放了你们，你们回去后可要好好的做人，千万别忘了你们是炎黄子孙，你们可以继续当满清的官，但一定要记住，不能祸害老百姓！记住我说的话：‘别看今天闹的欢，小心将来拉清单！’要是你们祸害百姓的话，将来本人带兵打过来的时候就不客气了！抓一个杀一个！决不心慈手软！”
众降官逃得生天，无一不对林清华感恩戴德，纷纷向他跪下，大叫“救命恩人”，待林清华将他们放出牢房后，立即像兔子一般跑的无影无踪。林清华之所以不杀这些人，不是因为他善良，而是因为他认为若是杀了这些人的话，那么无疑是将其它的降官逼上了绝路，使其与满清同仇敌忾，从而增加收复中原的难度，若是将这些人放了，一来可以显示自己的仁慈，二来可以在敌人内部制造思想上的混乱，使大多数降官首鼠两端，减少北进的难度。
林清华率领着镇虏军想迅速赶上南进大军，但史可法走的太快，竟然一时追不上，直到第二天下午才追上，而这却是因为前面的明军已与清军北上的先头部队接仗了。
豪格占领徐州后，并没有按多尔衮的命令立即北上夹攻北伐明军，而是把眼光盯住了富庶的江南。豪格命令鳌拜率领十万清军南下扬州，企图一举拿下扬州。但事与愿违，鳌拜率领的清军在扬州城北一百多里的高邮吃了个败仗，伤亡两万多人。原来，明朝得到逃回南京的吴志葵的报告，得知徐州正被清军大军围攻，朝中立即乱做一团，众大臣正欲派四镇兵马北上解围，忽又从逃回南京的高妻刑氏口中得知徐州已经失守，顿时满朝皆惊。刑氏向皇帝哭诉了经过后，又告了吴志葵一状，说他临阵脱逃，皇帝听后大怒，欲将吴志葵问斩，幸而朝中大臣纷纷上奏，说道正值战事紧张，朝廷又需水师护卫长江等等，要皇帝收回成命，不如让吴志葵戴罪立功。皇帝冷静下来，他也知道水师只听吴志葵的命令，换了其他人恐怕指挥不灵，于是只得作罢，下了一道口谕，斥责了吴志葵一顿，要其戴罪立功，同时下旨让高杰之子袭爵兴平侯，以慰忠臣之心。
朝中大臣开了一天的朝会，最后决定下旨勤王，同时将大部分江南兵马凋到江北，以拱卫南京，令左良玉从河南撤出，派出大军顺江而下，接替江南的防务。
就在朝中大臣凋兵谴将的时候，黄得功却先行一步，在得到徐州陷落、高杰身死的消息后，他立即抽凋全部精锐北上，一举占领了扬州，顺便将高杰留守扬州的一万部下并入所部，高杰部将李本深和胡茂祯逃到南京向皇帝哭诉，但木已成舟，朝廷不想节外生枝，只好令黄得功为总督江北提督，以节制江北诸军。
黄得功得到扬州后，立即加强了扬州及近郊的防御力量，毕竟这里已经是自己的地盘了，再也容不得他人来抢夺，不论是清军还是其他“四镇”，都是他的敌人，不过由于清军势大，他才不得不将主力安置在扬州以北的高邮附近。黄得功的兵马加上江南来援的各路兵马和吴志葵率领的水师，总共超过三十万兵力囤积在高邮一带以逸待劳。
鳌拜率领的清军盲目的南下，由于刚刚取得徐州的胜利，他们根本对明军不屑一顾，对在自己附近出没的明军侦察骑兵视若无睹，只是一个劲的向南猛冲。
在清军离高邮还有一百多里地的时候，明军就已将清军的人数、装备和部署查的一清二楚，因而黄得功得以从容布置兵力，等着清军钻进口袋。
扬州附近州县的百姓得知了徐州屠城的消息，在官府和士绅的鼓励下，为了保卫家园和自己亲人的生命，也纷纷前来投军，因此，当鳌拜率领着十万清军懵头懵脑的冲到高邮近郊的时候，等待他们的是四十万严阵以待的明军与丁壮。
战斗在豪无预兆的情况下打响了，明军的猛烈攻势迅速打乱了清军的阵脚，鳌拜费了九牛二虎之力才将军队重新组织起来，随即向明军发动了反击，正当训练有素的清军将明军一步步向后压去的时候，突然遭到身后两万明军骑兵的猛烈突击。这些骑兵是吴志葵用船通过运河与高邮湖偷偷运到清军背后的，在骑兵突击清军的同时，吴志葵率领八千水师官兵从高邮湖登岸，由西向东合击清军。遭到三面夹击的清军再次陷入混乱，苦苦支撑半个时辰之后终于全线崩溃，分成五股部队向北逃窜，明军趁势掩杀，清军死伤惨重。
得到清军败北的消息后，豪格知道此时兵力不足，难以继续南下伐明，因而命令鳌拜带领一万人留守徐州，他自己则率领十余万清军北上夹击明军。
由于耽误了几天，豪格并未到达预定的位置就与南下的明军遭遇了，战斗在一马平川的鲁南平原展开。刚开始形势对明军较为不利，但由于清军骑兵在高邮一役元气大伤，而且明军在经过最初的混乱后很快平静下来，结成一个个的方阵以对抗清军骑兵，因而双方一时半会儿谁也无法占到便宜。
就在双方打的难解难分之时，林清华率领的镇虏军赶到战场并迅速加入混战，这一下形势急转直下，清军败象渐露。豪格亲率一万骑兵向镇虏军阵地猛攻，但镇虏军打退了他们一轮又一轮的冲击。尽管林清华战前就叮嘱部下节约弹药，但此时众人已不知节约为何物，只是一个劲的猛烈射击，用枪口和炮口的闪光与轰鸣来掩盖自己的恐惧。
眼看着清军的防线就要动摇，这时北方天地交界处出现了一支庞大的军队，正是由满清摄政王多尔衮亲率的十五万兵马。
自从得到清军曲阜惨败的消息后，多尔衮一边从西边凋兵，一边将满清留守关外的六万骑兵尽数凋往关内，加上自己正白旗三万人、多铎镶白旗剩下的一万人，又从直隶抽调用于镇压各地起义的五万汉军，共凑成十五万人，与豪格相约，一南一北夹击北伐明军。为了防止明军探知消息后南撤，他故意隐藏实力，并散布直隶空虚的假消息。但多尔衮没想到的是，明军南下的速度非常快，他赶到济南明军驻地，看到的却是一片废墟，他心知不妙，立刻催军追赶明军，终于在豪格大军快要崩溃的前夕追上了明军。
北路清军发动进攻后，明军胜利的希望彻底破灭，苦苦支撑一个时辰后，史可法终于下达了向西突围的命令，他希望能坚持到河南，与左良玉的北伐明军会合，但他没有想到，此时左良玉已率领部队撤回了湖广，河南再无明朝的一兵一卒。
明军边打边撤，等渡过昭阳湖到达西岸时，已剩下不到十万人，而且丢弃了全部重武器，连镇虏军的大炮也全部丢入湖中，撤到豫鲁交界处的郑家庄时，又遭到留守雎州的两万清军骑兵的邀击，再次溃不成军，待到达豫中地区时，全军只剩下五万人。
林清华巡视着镇虏军军营，与别的军营不同的是，镇虏军军营中听不到士兵们的抱怨声，只能听见伤员粗重的喘息声和士兵们磨洗刺刀的“唰唰”声。林清华心里非常清楚，镇虏军已经不可能再进行任何大的战斗了，由于每次都承担殿后的任务，部队减员很大，全军伤亡和失散的有近两万人，而且军中的弹药也很少了，加上伤员众多，部队行动迟缓，部队已快到所能支撑的极限了，万幸的是清军似乎已放慢了追击的速度，而且明军也快到豫南了，那里的豪强武装众多，清军的势力较为单薄。