关于时行温病，庞氏将时行分为时行寒疫与天行温病论述：将温病分成伤寒之温病与四时自感之温病。庞氏论温病的重点在于冬温之毒及四时自感乖戾之气而成脏腑阴阳温毒，具有流行性，剧则流行天下，次则一方、一乡或偏着一家，即天行温病。他根据四季五行属性配合脏腑经络，将温毒分成青筋牵、赤咏拂、黄肉随、白气理、黑骨温五大类，虽然这种分类有失牵强，很难与今天所认识的传染病进行联系，后世对此也鲜有发挥。但重要的是，庞氏所言之天行温病从病因、病机、证候分类、治法方药各方面都完全区别于伤寒病，使天行温病具有相当的独立性。人们将庞安时视为早期温病学家，当源于此。
(二)韩祗和与《伤寒微旨论》
韩祗和的《伤寒微旨论》虽旨在广仲景之法，但已从《伤寒论》中脱胎出来，极少引用原文，而是阐述韩氏本人的临证心得，书中断载四十余首方亦均为韩氏本人的经验方，只在“可下”篇中强调了仲景的三个承气汤。
韩氏对伤寒的认识立足于阴阳二字，如伤寒病因病机，他虽然同意伤寒病热之说，但认为其原因是始于阳气内郁结而后方成热病。伤寒病的诊断分类，他尤其重视辨别阴阳虚盛，辨别的标准以诊脉为依据：先察脉之浮沉以别表里，再于沉浮中察寸尺虚盛。他指寸脉为阳，尺脉为阴，关脉为界，如关前寸小，关后尺大为阳虚阴盛，反之则为阳盛阴虚，采取不同的治法方药，其次他非常重视天时气候阴阳消长，并以此来调整自己的处方用药。如春夏二季阳气升发，韩氏于汗法、温法中均参酌药力轻清而立方，并将春夏分成三个阶段，逐步递成药物的温散而增加药物的清解力。
总之韩氏的主张是平衡阴阳，反对滥用温热药物，对原《伤寒论》方进行化裁变通。此外，关于阳黄的治法创用温阳退黄，对后世治黄影响很大。
(三)朱肱与《南阳活人书》
朱肱的代表作是《南阳活人书》，此书集朱氏隐居旨近二十年钻研《伤寒论》的心得，初名《无求子伤寒百问》。朱氏用分析综合的方法类聚伤寒条文，以问答体裁，设问答百题，对伤寒病机，辨证、治法、方药各个方面进行论叙，并采撷《千金要方》、《外台秘要》、《太平圣惠方》等书中的有关方剂进行补充。
在病机方面，朱肱的观点是以经络理论释六经实质。可以认为他是最早具体阐发这一理论者，即以足三阴三阳经络的通行路线及其生理特点来分析解释仲景三阴三阳病证的临床表现及传变转归。如伤寒一二日，认为是足太阳膀胱经受病，以太阳为诸阳之会，寒束阳郁解释发热恶寒，以该经循行路线所经过解释头颈强痛、腰脊强等症。他经均作类似说明。此说对后世影响颇深，在辨证方面，提倡识经络以辨邪之所在，识脉以分表里阴阳虚实，层次分明，比较易于掌握。在治法方面，强调用药不能偏执凉热，主张根据四时气候调整饮食辅助治疗;春宜凉，夏宜寒，秋宜温，冬宜热。他赞同庞安常使用麻黄、桂枝、青龙各方当因时因地治宜的观点，春夏之季在上方中加入清热之品。关于伤寒方药的研究，朱肱采用以方类证的方法，以《伤寒论》方为条目。汇聚有关条文，一方多用时，则汇集一处。
此外，朱氏对温病的认识也颇有见地。除冬伤于寒之温热病外，还提出了中暑与湿温两种病因与伤寒无关的病证。指出中暑外证与热病相似，治宜白虎汤等，若作热病治之，复用温热药，必致发黄斑出。湿温为湿热相搏，治拟白虎加苍术清热化湿，不可发汗，汗出则至变证。
(四)许叔微与伤寒论著三种
许叔微现存伤寒研究著作有三种，即《伤寒百证歌》、《伤寒发微论》、《伤寒九十论》，三书均脱离原《伤寒论》的体裁编次，博引群书，结合其本人的经验，旨在说明《伤寒论》的基本原理与临床应用。
许氏的学术思想主要反映在《伤寒百证歌》中。此书以七言歌诀体裁叙述仲景学术思想，《伤寒论》原文只在歌诀之间以注解形式出现。书中遇《伤寒论》中有论无方时，选《千金要方》、《活人书》等书补入。论之不详，则选用《诸病源候论》等书的病机学说加以补充。此书的独到之处，在于对八纲辩证的发挥。许氏认为人纲之中，应首辨阴阳，阴阳不辨，则表里寒热瞪实莫之能辩。他将六经分证与八纲辨证相互联系。指三田为阳，三阴为阴。而三阳之中，太阳属表，阳明属里，少阳属半表半里，三阴皆属里，故里证当有阴阳之别，阳热里证莫盛于阳明，白虎、承气汤证是其典型病证，阴寒里证莫盛于少阴、四逆，理中汤证是典型病证。寒热虚实的分证又各有表里之不同。至于阳证似阴，阴证阳阳、阴盛格阳则更需要脉证合参，详加审辨，这样使八纲辨证更为具体化、条理化，而且与伤寒六经辨证又达成较为合理的统一。因此他的理论在后世伤寒临床治疗中比较通行。
《伤寒发微论》大祗是许氏学习《伤寒论》的心得体会，此书聚集了二十二篇论文，对帮助后学者理解《伤寒论》颇有裨益。《伤寒九十论》是一册医案医话集。许氏选择了九十种不同的伤寒治验病案，记载详细而较为忠实，并包括了十一例死亡之病例，每例之后均予以分析讨论，反映了许氏较高的理论水平与治疗技艺。对于《伤寒论》理论的理解及中医临床工作，至今仍有一定的指导意义。
(五)郭雍与《伤寒补亡论》
郭雍的《伤寒补亡论》是宋代《伤寒论》研究著作中最接近原书面貌，引用原文数量最多，文字最忠实的一家，与《注解伤寒论》相比，其主体部分，即伤寒六经证治部分及“平脉”、“辫脉”篇均基本保留原编次面貌。全书排列先是总论与脉法，次为六经证治，再次为治法、病证，治法仍以“汗吐下温灸刺水火可不可”来分类。
本书所言之“补亡”即采撷《素问》、《难经》、《金匮要略》、《诸病原候论》、《外台秘要》诸论及宋肱、庞安常、常器之诸家之说来补充仲景《伤寒论》中所阙处。从参考书的选择、证类排列、论证说理各方面，郭氏均力求细致全面。因而此书既反映了《伤寒论》的学术观点，一定程度上也反映了《伤寒论》前后中医有关伤寒学术的流传情况。
郭雍对伤寒病机及辨证的认识，受朱肱的影响极深，对其六经经络病机说以及分经络、辨脉二步辨证法几乎完全接受，溶为已说。因此《伤寒补亡论》的地位恐怕不在于它对伤寒病的诊治有何独到的创见，而在于它在学术流传方面所起的作用。
四、运气学说的兴盛
以“运气七篇”(指王冰次注本《黄帝内经素问》中卷十九至二十二中的七篇论述运气学说的专著)为标志的五运六气学说，虽然形成的时代较早，但在唐代以前它却是罕为人知的，几乎没有什么实际影响。直到唐.宝应元年(公元762年)，王冰将“运气七篇”补入《素问》之中并加以注解阐发以后，运气学说才为世人所知，并逐渐受到重视。唐代后期又陆续出现了几部运气学说专著和专篇，如《素问六气玄珠密语》、《天元玉册》、《昭明隐旨》和《元和纪用经.六气用药增损法》等，其中除《昭明隐旨》已佚失外，其余三部书尚存，这几部书旧题为王冰撰，但据其内容考证可知，均为唐代后期人士伪托王冰之名而作。
宋仁宗嘉祐至宋英宗治平年间(1057～1067)，由“校正医书局”将王冰重新编次的含有“运气七篇”的二十四卷本《黄帝内经素问》选作范本，加以校正并颁行全国。“运气七篇”在王冰次注本《黄帝内经素问》中占有近三分之一的篇幅，它被作为医学经典——《素问》的重要组成部分由官方颁行全国，这无疑大大提高了它在医学领域中的地位，扩大了运气学说在医界的影响。因此，北宋的医学校——太医局以及地方医学校也将王冰次注本《素问》作为教科书，并将“运气”列为基本教试课程之一。北宋末年，运气学说由于受到宋徽宗赵佶的大力提倡和推广而进入鼎盛阶段，《圣齐经》与《圣济总录》将运气学说置于突出地位。这一措施不仅在全国医界、而且在全民范围内推广普及运气学说知识，运气学说的影响和应用至此也达到空前的兴盛时期。
刘温舒《素问入式运气论奥》(以下简称《运气论奥》)成书于宋哲宗元符二年(公元1099年)。全书共三卷，以图文并茂的形式分三十个专题，对运气学说中的基本概念和基本原理进行了阐明和发挥，《运气论奥》立论比较醇正，不象《玄珠密语》和《天元玉册》那样偏僻驳杂，更无占卜灾祥的内容。它忠实于“运气七篇”的基本精神，着重摘取。“运气七篇”中原有的概念、原理和理论格局，加以阐释和发挥，该书以相当篇幅对五行生克休旺、十干、十二支、五行生成数、纳音、月建、四时气候、九宫分野等自然哲学的基本概念和理论加以论述，也是为了阐发运气学说，使之便于理解。《运气论奥》是中医史上的一部较重要的运气学说专著。
南宋时期，陈言在其《三因极一病证方论》中针对年干和年支详细而具体地开出了治疗五运太过不及和六气司天所致病证的十六首方剂。这是将运气学说的治疗原则具体落实到方药上，继《元和纪用经》之后进一步发展了运气治疗学说。
宋代运气学说的另一特点是强调运气有常有变。最先明确提出运气的常变之辨者为北宋科学家沈括。
所谓“常”是指经常性的、规律性的变化，“变”为异常的、特异性的变化。沈括认为气候及其病候的出现有常有变，运气所决定的是规律性的气候病候，而在其之外还有特异性的变化;因此在应用运气学说时就不能胶执于定法，不知变通。而应结合其时其地的具体气候病候来加以判断，《圣济总录.运气》也承认运气有常变之别，运气理论格局反映的是其常——“定期之纪”;由于种种原因，运气也有变异;对于变异的情况，就不可拘泥于常理。
提出运气有常有变是为了告诫人们要灵活应用运气学说，将运气理论格局与具体时间地域的气候情况相结合，知常达变。这种主张在后世得到了广泛的响应。<div>