一、内科
(一)杂病
两宋时期是中国医学史上一个高度发展的时期，尤其医学理论研究的深化是此期医学的一个显著特点。这一特点也相应地反映在此期内科杂病学术的发展中。
病因病机的理论发挥
南宋医家陈言在《三因极一病证方论》中提出著名的“三因论”还注意到致病因素相互间的密切联系，并以之论证杂病的发病原因。如咳嗽，“要之内因七情，外合六淫、饮食、起居、房劳、叫呼、皆能单复倚互而为病。”陈言强调多种因素复合性变化的思想，揭示了导致疾病产生的内涵所在，这不能不说是病因学的一个进步。
病机理论的发展至宋代有了新的趋势，主要表现在对阴阳偏颇、生克等机制的强调上，杂病病机尤多体现，以体内阴阳的偏胜。说明了在病理上的变化和属性以及临床上的各种表现。
气机的升降乖逆也颇受重视，如《扁鹊心书》记载脾胃损伤，升降失调，可导致怔仲。
《济生方.吐衄》指出：“夫血之妄行也，未有不因热之所发。盖血得热淖溢，血气惧热，血随气上，乃吐衄也。”对胸痞的病理，也认为是“下虚，气上控膈”所致，与气机的升降不无关系。
两宋时代盛行一时的“运气”之说，亦波及到杂病病机理论之中。如《史载之方》叙述了“夫病之所起，其来有根源，其次有传受，其传有刑?”的发病规律，就是脏腑间五行生克乘侮的病理机转。
辨证理论的进一步系统化
宋以前，不少医家则重汇集方药的倾向较为明显，至北宋初叶，这种情况仍然存在。而在两宋时期，辨证理论得到了较为全面的发展，除源于仲景《伤寒论》的六经辨证和八纲辨证理论得以进一步深化外，还提出并初步形成了主要运用于内科杂病的脏俯辨证理论。
北宋著名医家钱乙博学而有创意，他根据《内经》五行学说及脏腑分证的理论，总结了一套以五脏虚实为纲领的辨证方法。他认为，五脏有所主之证，同时又有虚实之别。如：心主惊，为神明之府，邪气忧心，或心脏内虚，则神失其守而发生惊悸不安。其因于邪实者，则兼有发热、口渴、心胸烦热等，其因于虚者，则于卧寐之中悸怯不安。钱乙虽在辨证中结合小儿生理病理特点进行论述，但仍不失为脏腑辨证纲领之雏形。
杂病的治疗与“局方”的流行
成书于北宋大观闰目的《和剂同方》(习称“同方”)，颇能体现此期内科杂病的治疗思想普遍存在注重扶助人体阳气的倾向。精炼了名目浩繁的汤方，纠正了当时漫无边际的方书流行倾向，且从广泛的实践经验中，发现了许多有效的验方和药物。例如流传至今的成药“藿香正气散”、“逍遥散”、“平胃散”、“苏合香丸”、“至宝丹”、“紫雪丹”等，都来源于此书，影响十分深远。同时，该书载有大量的的芳香行气药物，对促进气机顺畅有比较显著的效果，对后世行气药的应用，产生了一定的影响。由于书中多采取丸、散等剂型，所以应用方便，易于保存，它的流行对杂病的救治，无疑产生了积极的作用。
但另一方面，局方有偏用温燥之弊，如治风诸门中的热药，几乎全由香燥之品组成，其次更多为参、桂、乌、附、等燥热之药，形成了社会上喜用“暖药”的不良风气。同时鉴于该书是官府颁定的方书，有些医生因循守旧，处方用药墨守成规，以致形成泥于“局方”的流弊。
具体病证认识与临证水平的进展
对杂病的认识水平也有所提高，表现在治疗方法上也更丰富而有效。
水肿
宋代对水肿的认识有较多的记载，张锐《鸡峰普济方》对该病的临床表现有比较详细的描述：“项胫脉动，睡起眼浮，下如蚕卧。足胫肿，眼间冷，身重倦行，行即喘急，”指出水肿全身症状及肺脾肾三焦气化失司，**泛滥的病理机制。并进一步阐述该病日久“积年不去”，水湿与溶血互结，“其病面目黧黑，手足逆冶，身体枯燥，肌肤甲错，身无润泽，渐渐赢瘦”的晚期并发症。该书记载治疗水肿方剂78首，对重症多用丸、散，丹剂共47首，其部分方剂组成中分别含有粉霜、轻粉、水银、雄黄、硇砂等金石药物，重剂缓投，临床疗效肯定。
脚气病
宋代积累了较为丰富的辨证施治经验，出现了治疗该病的专著《脚气治法总要》，作者董汲对本病的病因、发病、证治方剂及内外治法等都有新的见解。例如病因，隋唐时代均说是风毒所致，而董氏认为致病原因主要是由于湿，但兼有冷热之别。治疗方法按证候、季节、地域、老少等特点进行了总结，较以前更为全面和系统。全书载方46首，计分总治法、寻常法、治其偏阴、治其偏阳、治老人血枯，治虚、治实、治风、治湿，风湿相兼、风湿挟虚，风湿瘴疠，兼淋闭以及外治法等。
风证
宋代对诸风病证有较全面的认识，元丰(公元1078～1085年)中太医局学生的学习科目中，设有“风树”，对于中风病。仲景有中经中络中府中藏之分：许氏在《普济本事方》中进一步分析道：“风中脉则口眼喎斜，风中府则肢体废，风中藏则性命危。”其治法抓住标本缓急，见卒然扑倒，不省人，口眼喎斜，半身不遂等证，急则先用开关，以救急稀涎散或胜金丸催吐，“得吐即省。”醒后则依“次缓而调治”，或月千金续命汤、排风汤、风引汤等扶正达邪、怯风通络，或用地黄洒、防风汤、防己汤等益气养血、宣通经隧，或用针灸“中风十二穴”辅治之。而《圣济总录》则有18卷86个子目专论诸风的辨证施治。对中风病、区分闭、脱之说，始见于宋，风证作为一种大证，当时诸医家在认识相辨证方面积累了丰富的经验。
(二)传染病认识水平提高
宋代对传染病的认识较集中地反映在各种《伤寒论》研究著作中。与晋唐时期主要在篇目上区分伤寒温疫不同，宋代医家力图从病因、病机、证候、治疗等各方面，对二者的不同进行探索。致力最深的是春夏二季的温热病。事实上这正是大多数传染病的好发季节。此期医家们已不满足于有用伤寒伏气来概括所有的外感热性病，提出了一些独立于伤寒之外的概念，如冬温与温疫，并强调了它们的传染性或流行性。为温病学的独立发展打下了基础。
冬温：冬日温暖，人感乖戾之气，未及时发病，至春乃发，称为冬温或温毒。临床表现已能指出：斑疹，如锦文，或溃烂为疮，兼有外感热病的一般症状。治疗以清热解毒透发为主，在病因和传染特点上强调：其为感冒非节之气为病，故人人皆感，每每成疫。
温疫(天行温病)：强调：四时自感乖戾之气而成。特点是热重于伏气温病，而且具有流行性，重则流行天下，次则一方、一乡，或偏著一家。庞安时将其归织成五种类型，治疗均以清热解毒为主。
由于以上三病强调了感受乖戾之气及具有流行性，并以此区别于伤寒，所以宋代有关温疫的理论虽然比较幼稚，且无温病学专著出现，却是寒温分家的重要时期。宋代关于冬温、温疫之认识。代表了当时医学家们对传染病的认识水平。
二、外科与皮肤科
两宋时期外科学及其相关学科有发展，专科教学得到扩展，专著更多流传，外科与皮肤病类之疾病认识及理、法、方、药知识更加丰富，专业医师认伍不断壮大，并出现了以“外科”命名的专著，在这些方面多明显超越前人。然而，与前比较，在医疗技术上似无明显进步。
(一)外科之教育：公元1060年，太常寺言准，详定太医局学生限额为120名，其中属于外科专业的有疮肿4名，金镞兼书禁1名，金镞兼折伤1名。熙宁九年(1076)，宋神宗为了进一步改进医学教育，规定学生名额由120名增至300名，并强调：“设三科以教之”，此三科即方脉科、针科与疡科，外科在专业教育和人才培养上得到更多的重视，这或许与当时的内战需要有关。元丰(1078～1085)时，又对医学分科教授送行调整。在原九科的基础上、将外科的三个专业归并为“疮肿兼折疡科”，“金钱兼书禁科”，使分科更趋合理，学生人数也增加到30名，增加幅度明显高于其他学科。
(二)外科著作开始丰富：据《宋志》、《祟文总目》等所记，有外科类专著近30种，50多卷，其中由宋代外科学家所撰著有《卫济宝书》、(约1170年)2卷，《集验背疽方》(1176)1卷，《外科新书》(1207)1卷，5《外台秘要》(1263)3卷，《救急仙方》(1278)6卷，流传广而影响大，除《外科新书》已佚外，其他在明清甚至现代还是外科医生的常用参考书。由伍起予编撰的《外科新书》，是现知我国医学史上以“外科”命名书名的最早者。《卫济宝书)是一部影响深远的外科专著，作者署名为东轩居士。据查证，东轩居士即北宋襄阳之魏泰。该书虽只上、下二卷，但从其系统论述外科疮疡痈疽等化脓性感染之病因、症状体征、诊断以及诸种医疗方药和技术等来看，不但内容丰富多采，且有较高的科学性，《卫济宝书》幸得《众乐大典》、《四库全书》收录而传世。《集验背疽方》的作者是李迅，字嗣立，泉州人，《集验背疽方》确系一部内容比较丰富的治疗背部化脓性感染的专书，对当时和后世均有用显影响。考李氏学术思想，由於他称一位主张以锡管吮脓的民间医生为庸医，可知其医疗是比较保守的。
(三)外科医疗技术与疾病认识：宋《卫济宝书》中首先记述了癌肿，这是在历代医学家描述体表诸种恶性肿瘤形状特点基础上的一次科学的总结和确切的命名。他说：“癌疾初发者，却无头绪，只是肉热痛，过一七或二七，忽然紫赤微肿，渐不疼痛，迤逦软熟紫赤色，只是不破。”癌字是该书首创字，从疒从喦。喦者，通岩，取其盘纡隐深，磪嵬岑喦，岩崖连形，用以比喻癌肿凹凸坎穴之外观及硬如岩石之状貌。可见作者对癌肿病理症侯之认识十分确切，他为了帮助读者，更绘制了颇为形象的“癌原图”。化脓性感染之脓未成与脓已成的签别诊断在宋代有了更多的进步。在治疗指导思想上也进一步提高。《太平圣惠方》(992)关于脓已成的切开引流思想较前化更为积极。例如该书强调：“脓成，即当弃药从针烙也”，并说“生死之际，不可疑惧痛，项顿之间，以至内溃。古今同斃斯疾十有八、九矣”，又说，痈薄宜计，疽皮厚宜烙”。并谓针烙之法“有却痛之功也”;“烙法多差，殊稳妙于针法”，关于切开部位，指出“皆须近下面烙之，不透即再烙之令透”。对于较大痈疽还强调“即须散烙数处，并令透则气疏达，脓水易出”，“实者撚发为纴，虚者以纸为纴，涂引脓膏药纴之，为了彻底治疗，更明确要求警惕“脓根未尽，使令疮合后，必有再发之理”，上述所强调论述的诊断、治疗原则和方法等那是符合科学要求的，东轩居士所论乳痈之防治法也颇有科学价值，他在认识到乳痈之发病系因“乳汁不行而生痈”的基础上，创造了火罐吸乳法以防乳腺炎化脓而成乳痈。
枯痔手术之发展：《圣惠方》(992)是一部集宋以前方书大成的著作，在其论述肛门痔之治疗技术上，已多处强调了汞砷剂枯痔的方法。如用砒霜等研末路蜜和丸绵裹纳痔处;或用砒霜、白矾等为末炼黄蜡和丸“用绵裹一丸内下部……以痔头消为度”，公元1127年，《魏氏家液方》记载了枯痔散法，较《圣惠方》的方法提高了一步，从而进一步减少了对健康肠粘膜的伤害，效果得到提高。
外科医疗技术：剔除咽喉异物与治疗疣的技术，在综合性医书里已有了较确切的论述，由此可以证明这些技术已为普通医学家所掌握。例如：小儿科专著《小儿卫生总徽论方》的有关部分，所记述的外科医疗技术就有上述特点。在《千金要方》多处记载运用有血清免疫法思想的治疗疖病的基础上，被发展改进而用以治疗疣症。其方法是“以针或小刀于决疣子四面微微血出，取患疮人疮中脓汁傅之，莫得近水，三日外脓溃，其根动自落”，又如《小儿卫生总微论方》改进孙思邈用磁石吸取咽部铁钉、针等异物的方法，改口含为钻磁石孔窍以线穿系，从而不但提高了成功率，而且大大增加了安全性。小儿科集大成的专著《幼幼新书》(1150)卷39，不但收录了孙思邈及《小儿卫生总微论方》的相似方法。该书所引用《圣惠方》(992)剔除误吞鱼钩不出的医疗技术。一法要求绳犹在手中者，莫引之。……，稍稍令推至钩处，小小引之则出。一法强调用琥珀珠贯钩绳上，推令前入至钩所，又复推以牵引出矣，如此医疗技术在综合性医书的广泛引用，说明该法已比较普遍为医家所掌握。
(四)麻醉技术的发展：两宋时期的外科手术，特别是较大手术已有逐渐衰退之势，保守疗法已日渐发展。但是由外科手术发展而兴起的麻醉技术却并没有因此而停滞，相反由于化脓性瘢痕灸法的兴起，整骨手术的进步，麻醉术得到了进一步的发展。例如：窦材《扁鹊心书》(1146)所记之睡圣散即其代表，方法是“人难忍艾火灸涌，服此则昏不知痛，亦不伤人，山茄花(即曼陀罗花)、火麻花，共为末。每服三钱，小儿只一钱，一服即昏睡”。
此外，在《小儿卫生总微论方》一书中，还正确指出小儿脐风与成人之破伤风是同一种疾病，这就把人们对破伤风的认识提到新的高度。
(五)皮肤病的认识：随着医学理论研究的深入和实践经验愈益丰富，对许多皮肤病的认识更趋深入，对隋唐时期某些皮肤病名繁复混杂之状况提出了新的分类见解，进一步提高了诊断治疗水平。
1、皮肤结核：狼瘘、蚝瘘相当于结核性初疮或为寻常性狼疮;蛴螬瘘类似于疣状皮肤结核;鼠瘘、瘰疬相当于瘰疬性皮肤结核：《圣济总录》在分类论述上虽多沿袭前说，但其“瘰疬门”总论则强调了以下观点：“瘰疬者，其疬本多因患怒气道，忧思恐惧，或改良有虫鼠余毒;或风热邪气，客于肌肉，随虚停结;或在颈项，或在胸肌，累累相连者是也。”所论情感忧惧、饮食余毒、风热邪气等病因，是在前人基础上的提高。宋.陈无择之《三因极——病证方论》论及瘰疬证治，则对前人之分类和解说提出异议，他认为“此往往是三阳传诸阴经方有之，若本脏发，未必有是，学者知之。”(引号内医论均见：宋陈言《三因极.病证方论》卷15，P204，人民卫生出版社，1957年)，陈无择对本病的理角和不同看法产生一定影响。而严用和《重订严氏济生方》，则着重根据患者情感体质及具体病症进行辨证施治。
2、诸癣：两宋时期《太平圣惠方》和《圣济总录》论述诸癣，基本上仍沿袭《诸病源候论》的论点，但分类已较简化。值得注意的是没有“白癣”。陈无择则提出：“见癣种类亦多，……虽以皮肤气血凝滞所为，或有风湿转成者;或为人传染得之者，种状不同，治之各有方，”是分为三种情况论其证治，宋代方书《太平圣惠方》、《圣济总录》以及《和剂局方》等，均含有大量皮肤病的治疗方药。反映了治疗经验更趋丰富。
三、骨伤科
两宋时期，太医局始设疮肿兼折疡科，骨伤科正式与外科疮肿并列为医学一门分科。随着这一时期解剖学的发展，骨伤科理论和临床诊疗均有较大发展。
(一)创伤骨科解剖生理的进步
两宋时期由于对人体骨骼系统解剖、生理认识水平的提高，促进了对骨创伤疾病的诊断和治疗。《圣济总录》在“针灸门”记录了长干骨相扁状骨骨髓的多少，在“伤折门”中，更进一步明确提出四肢的运动功能，必须依靠筋肉和骨骼的“联结缠固”，如果丧失这种正常的“联续缠固”，就会丧失功能。公元1247年，宋慧在《洗冤集录》里，记录了人体骨骼系统的结构，并对人体的主要关节，上下骨的关系，脊椎骨、尺桡骨、胫腓骨、膝关节，包括半月板等构造，都有了较实际的描写。解剖学知识的进步，指导了骨折脱位的诊断和治疗。
(二)创伤骨科诊断学的进步
检查及危重创伤的诊断，此期也有较明显的进步，据《洗冤集录》论述，宋代对创伤的检查诊断，已注意致伤外力的大小、方向及致伤的部位、局部组织的变化、血肿情况和肢体功能等，以辨别伤情轻重。上述验伤经验源于临床医学和法医学检验经验的积累，对骨伤科创伤之检查诊断有着重要的价值。例如受伤局部血肿的颜色、范围、形状、出血与否，即可判断受伤暴力的大小及伤情的轻重。
(三)创伤骨科治疗学的进步
危重创伤的救治，《洗冤集录》除了介绍张仲景的人工呼吸法外，还推荐葱白炒热敷伤处的止痛法;用半夏末、皂角末吹鼻或生姜汁、韭汁灌服，灸肚脐、或酒调苏合香丸灌治“五绝及堕打卒死”、“若心下温”、“若肉未冷”者等急救技术，此外，在手法、手术治疗上也有很大进步，例如开放性创伤的治法。宋代的早期处理，仍沿用隋、唐清创方法，剔除异物等，强调：“要在血气未寒，急施治法”，用桑白皮尖茸为线，或用麻线缝合伤口(见《圣济总录》金疮门)，并皆主张用盐水洗净，或烧葱汁涂伤口然后涂贴药物。关于感染创口则注意到辨证论冶，如采取“淋渫”洗疮法以祛秽解毒，用刀剪清除坏死组织，用活血药物以生肌收口等等，并逐步发展了内外并治、辨证论治等理论指导，对于骨折、脱臼的复位、固定技术更有较大的进步。《圣济总录.伤折门》对骨折脱臼的治疗，已认识到首要目的是恢复原来的解剖关系，称为“接筋续骨”，当手法正骨不能恢复到解剖位置时，强调切开复位法，由于宋代麻醉技术的进步，外科手术水平与器械已有针、线、刀(柳叶刀、钩刀)、镊、剪、凿、钳，锥、锤等，均已取得进步，在复杂骨折的切开复位技术，也取得了发展，特别宋代随军医生，已运用了切开复位与凿除死骨治疗粉碎性骨折等。还必须指出，创伤方药疗法是我国骨伤治疗技术的一大特长。例如：淋、熨、帖熁膏摩的外治法在宋代也取得长足进步《太平圣惠方》记载11首淋、浴、帖熁(音协，火迫之意)、膏摩的方剂，选用药物除宋以前历代使用的桂、附、辛、椒、姜、芎、归、芷之外，还选用了白矾、接骨草、葱白、五加皮、桑白皮、松节、樟木节等，制成洗剂，称为淋洗方，治跌伤瘀血作痛;伤筋折骨，或久损腰膝，关节疼痛等症均有着肯定的作用。同时，治疗创伤的三大原则，即活血化瘀，养血舒筋和培元补肾(或称健脾补肝肾)，在前人论述的基础上，又经过广泛实践，在创伤治疗上得到确立。
四、妇产科
宋代，临床医学发达，妇产科的成就尤为显著。宋代太医局设有产科和产科教授，专门培养妇产科医学生，推动了宋代妇产科的发展。著名的妇产科学家和妇产科著作相继出现。中医妇产科已形成为一门独立的临床医学学科。
宋代对产科贡献较大的是杨子建，元符元年著有《十产论》，(1098)，对异常胎位作了详细的描述;继而有李师圣、郭稽中《产育宝庆集》1卷(约12世纪初)，后有朱端章《卫生家宝产科备要》8卷(1184)，总结了宋以前的产科临证经验和初生儿保育方法，是一部珍贵的产科文献。另外，有齐仲甫著《女科百问》2卷(1220)，这是一部综合性妇产科著作。宋代员著名的妇产科学家是陈自明，所著《妇人大全良方》，(1237)，是我国第一部比较完善的综合性妇产科专著。
(一)有关月经失调的新见解
对劳瘵骨蒸(结核病)引起的闭经，陈自明除了对闭经进行一般辨证，用通经或健脾益气方药治疗外，并在《妇人大全良方.众疾门》中明确指出：劳瘵、骨蒸可引起完全闭经。现在看来，这与妇女生殖器官结核引起的继发性闭经极其相似，而且治法也不同于一般闭经，即不用通经药，而采用滋阴清热药。体现了控制原发病，治病求本的原则，
(二)分娩处理
注重观察分娩产程
产妇临产的精神状态和体力状况往往影响分娩产程的进展，陈自明要求接生人员在产程开始时，不仅要注意消除产妇时分娩的恐惧心理，而且要照顾产妇的饮食营养，以维护产妇体力，等待分娩。陈氏在《妇人大全良方.将护孕妇论》中指出：“欲产时不可多人，喧哄怆惶，但用二老妇人扶行及凭物站立”。又说：“苦心烦，用水调服白蜜一匙：觉饥，吃糜米少许。勿令饥渴，恐乏其力。不可强服催药，早于坐草，慎之。”陈氏还指出，当产程进展至胎膜破水，儿头面出时，始可正式接生。
全兔脑制剂的应用
《证类本草》17卷兽部中品兔条下所引用的《经验方》中，有关于兔脑催生丹的记载，其药物组成及制作用法是：“催生丹，兔头二个，腊月取头中髓，涂于净纸上，令风吹干，通明**二两。碎，入前干兔脑髓，同研。……以猪肉和丸如鸡头大，用纸袋盛储，透风悬。每服一九，醋汤下，良久未产，更用冷酒下一丸，即产，此神仙方，绝验”。其有效成分主要是兔脑;现已实验证明脑下垂体后叶含有催产素，具有促进子宫节律性收缩的作用，注射催产素仍是现代产科处理宫缩乏力促进分娩常用的特效制剂。而中医产科早在公元11世纪末。就已使用了兔脑制剂催产，并积累了一定的经验。
对新生儿断脐后脐带断面的处理
《小儿卫生总微论方》提出了用烙脐饼子炷灸的方法，处理新生儿脐带断面，以预防发生脐带痈疮和风证。早在《太平圣惠方》(刊于公元992年)卷76中，也记有烙脐四方，其药物组成、用法均与之相同。可见我国宋代，对新生儿断脐后，进行脐带断面烧灼消毒，已有了相当的经验，而且提出了使用目的。
(三)妊娠用药禁忌仍产后常见疾病
妊娠用药禁忌