刘玄无奈，转头对刘祉道：“巨伯，我已请中郎将赵憙带我妻儿去找子琴。如果他们能侥幸活命，你见到文叔时，请他善待他们。文叔定能成大业……伯升之死，实非我刘玄……”说到这里，声音哽咽，泣泪而下。

刘祉心中难过，但见严本的兵马围在四周，也没有办法，对刘玄道：“陛下，文叔为人宽厚，他定能知你之心，绝不会为难他们……”刘祉想着刘玄对自己的恩德，现在却无力保护他，也难过得说不下去。两人泪眼相向，泣泪而别。

刘恭怕严本伤害刘玄，不肯离去，便随刘玄跟着严本同去。严本将刘玄带到高陵，掩藏起来，静观时势。

更始朝廷的文武百官见赤眉军已连破长安宫门，又不见刘玄，便全都投降了赤眉。只有丞相曹竟拒绝投降，被赤眉军杀害。

刘秀听说赤眉攻破长安，刘玄在外逃难，下诏道：

“更始破败，弃城逃走，妻子裸袒，流冗道路。朕甚愍之。今封更始为淮阳王。吏人敢有贼害者，罪同大逆。”（引自《后汉书》）